1986年，陈飞到葛洲坝集团公司后，就在施工一线工作，先后参加了葛洲坝二期工程、广西岩滩电站、湖北保康马桥电站和三峡工程的建设，苦干实干，做出了突出贡献，多次被评为优秀党员、双文明先进个人和优秀大学毕业生。
1997年8月，陈飞担任三峡右岸中堡岛纵向围堰的项目经理，这是三峡一期工程的关键项目。他带领以青年为主体的500多名职工组成青年突出队，自任总队长，树起青年工程的大旗，每天工作十多个小时，基本没有休息日，完成了565米围堰填筑任务，超额填筑90米，并主动接了最难的茅坪溪箱涵渐变段和进水口的浇铸任务，夺得了同期三峡工程施工的十个第一，两次综合测评第一，项目部产值近亿元，公司荣立一等功，他个人荣立特等功。1994年江泽民总书记视察三峡工程时称赞，你们搞青年工程，这很好，青年是祖国的未来，要有志气把三峡工程建设好。
1997年，陈飞担任了葛洲坝集团公司三峡工程施工指挥部副指挥长，挑起了长江截流现场施工指挥的重任。他组织技术班子，反复研究方案。10月，组织千余台大型施工设备进行了两次截流模拟演习。11月8日下午3：30分，仅用了6小时30分按时截流，创造了水深（60多米），流量（8300—11600立方米／秒），日抛投量（19．4万立方米），小时抛投1．71万立方米四个世界第一。
陈飞在实践中改革进取，为搞活国有企业做出了显著成绩。葛洲坝集团是一个老企业，每年社会负担1．6亿元。陈飞担任一公司经理时，大力开拓市场。1995年，他依靠企业自身的技术和施工实力，上河南，下海南，争取合同15个，金额1．73亿元，这是一公司进入三峡后签订合同最多的一年。1998年5月，他担任葛洲坝集团公司三峡工程施工指挥部指挥长后，同样面临严峻的形势，由于内部管理机制不够完善和施工中存在浪费现象等原因，指挥部在三峡一期工程中明显亏损，仅1998年上半年，指挥部所属单位就亏损9161万元，在银行共贷款14亿元，面临着危机。他实行了大刀阔斧的改革。对下属16个公司实行了“成本封闭”管理，建立了一整套责权利明确的管理机制，取得了很好的成效。
作为一名从事技术工作出身的管理者，陈飞具有很强的科技创新意识。担任课题组长的三峡工程混凝土纵向围霸强风化层开挖中的光面爆破，深槽开挖中的深层预裂爆破，保护层开挖爆踊中的柔性垫层技术和水平预裂爆破技术的应用研究，均取得了重要成果，在保证技术的前提下大大加快了施工进度，并已在三峡工程中推广应用。作为截流现场施工主管的陈飞与技术人员认真学习和借鉴国外先进技术，采用了卫星定位等世界先进技术成果，确保了大江优质安全合龙，大江截流技术获电力部特等奖，被两院院士评定为当年国内十大科技成果。
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